Naiste II liiga võitis Narva JK Trans, kes kogus 12 mänguga kokku 29 punkti.
Trans võitis 12-st mängust koguni üheksa, viigistas kaks ja kaotas ühe. Ainus kaotus pärines neil maikuust, mil kaotati võõrsil JK Sillamäe Kalevi naiskonnale 0:1.
Teisest liigast pääses Esiliiga üleminekuturniirile kolm naiskonda - lisaks Transile ka teise koha pälvinud Tallinna FC Puuma ja kolmanda koha saanud Rakvere JK Tarvas.
Esiliigast mängivad üleminekuturniiri kolm naiskonda. Üleminekuturniirilt lunastavad pääsme järgmise hooaja Esiliigasse neli naiskonda.
Kokku osales 2013. aastal naiste II liigas seitse võistkonda.